銀河の彼方に生息する、強力な戦闘意欲を持つ金属生命体ゾイド。彼らは、時に巨大な惑星を粉砕するほどの力を持っていた。しかしあるとき、惑星滅亡という恐ろしい現実に直面し、人類は地球を第二の故郷として目指した。だが、突如としてゾイド因子が暴走し、タイムワープ現象に巻き込まれ、21世紀の地球に現れたのだ。ゾイドの破壊行為は地球を一度滅ぼすことになったが、生き残った者たちは再生に向けて動き出す。この時、レオは自分でビーストライガーを発掘し、少女サリーと共に冒険の旅に出発した。彼らは未知の世界を旅しながら、地球の未来を左右する運命に翻弄される。彼らは、大いなる危機に立ち向かい、物語は今、新たな段階へと進んでいくのだ。g