西历2079年，迷之机械细胞群再度出现，这次它们的规模比以往任何时候都要庞大。他们纵横捭阖，摧毁了所有的防御系统，人类的抵抗被打败得毫无还手之力。在两年的苦战之后，人类的绝路之中，他们只能铤而走险，动用最后的破坏兵器，这是一个不折不扣的末日场景。巨大的火球漫天飞舞，山川河流被摧毁殆尽，主要大陆陷入了无尽的混乱之中，50%以上的土地都被淹没在了海水之下。南极大陆不复存在，生命在这片混沌之中几近灭绝。然而就在人们以为已经结束的时候，他们又一次卷土重来，这个人类的末日似乎永远无法结束。为了证实消息的真实性，一艘秘密航空巡洋舰“攻龙”从曰本出发。攻龙是曰本所有最先进设计制造的战斗机，它的机身装载了音速加速器技术，共有三架机器“零神”“风神”“雷神”。驾驶“攻龙”的是三位年轻的少女：樱野音羽、园宫可怜、一条瑛花，她们是SKYGIRLS的代言人和救世主。这惊天地泣鬼神的战斗必须由她们来完成，人类的未来和希望就在她们手中。她们启动了音速加速器，漫天电光穿梭，如星辰闪耀的轨迹留下了无数的光芒，在人类最黑暗的时刻，SKYGIRLS高高展翅，决定在这片凄惨的土地上，与机械细胞群进行最后的决战。g